Obowiązek pobierania przez właściwe organy państw członkowskich Unii Europejskiej opłat za przeprowadzenie ponownych kontroli urzędowych wynika z art. 79 ust. 2 lit. c rozporządzenia (UE) 2017/625. Zgodnie z tym przepisem, właściwe organy pobierają opłaty lub należności w celu odzyskania kosztów, które ponoszą w związku z kontrolami urzędowymi, które pierwotnie nie były zaplanowane, a które okazały się konieczne w wyniku wykrycia niezgodności podczas kontroli urzędowej przeprowadzanej uprzednio u tego samego podmiotu oraz zostały przeprowadzone w celu oceny stopnia i wpływu tej niezgodności lub sprawdzenia, czy ta niezgodność została usunięta. Wymienione opłaty są pobierane za kontrole przeprowadzane w różnych miejscach prowadzenia działalności, nie tylko w gospodarstwach rolnych.
Rodzaje kosztów, o których mowa w ww. przepisie, które powinny być pokryte przez środki uzyskane z przedmiotowych opłat, zostały określone w art. 81 rozporządzenia (UE) 2017/625.
Stawki opłat za kontrolę urzędową, o której mowa w art. 79 ust. 2 lit. c rozporządzenia (UE) 2017/625, przeprowadzaną przez Inspekcję Weterynaryjną, zostały określone w poz. 40 załącznika nr 1 do rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi w sprawie stawek opłat za czynności wykonywane przez Inspekcję Weterynaryjną. Wysokość tych stawek została określona zgodnie z art. 81 rozporządzenia (UE) 2017/625.
Z powyższego wynika, że obowiązek pobierania opłat za ponowną kontrolę urzędową, o której mowa w art. 79 ust. 2 lit. c rozporządzenia (UE) 2017/625, został określony w prawie Unii Europejskiej. Jednocześnie, prawo Unii Europejskiej nie wprowadza możliwości odstąpienia przez państwo członkowskie od pobierania tych opłat. Z uwagi na powyższe, nie jest możliwe zniesienie przedmiotowych opłat w polskim prawie krajowym.
Jednocześnie wyjaśnia się, że zarówno nałożenia obowiązku wykonania zaleceń pokontrolnych, jak i nałożenia obowiązku uiszczenia opłaty za ponowną kontrolę urzędową, nie można traktować jako wymierzenie sankcji, tj. dolegliwości stanowiącej karę za naruszenie przepisów. Wydanie wymienionych zaleceń przez organ kontrolny podmiotowi kontrolowanemu nie ma na celu ukarania tego podmiotu, lecz doprowadzenie prowadzonej przez niego działalności do stanu zgodnego z prawem. Z kolei celem powołanej opłaty jest wyłącznie pokrycie kosztów dodatkowych kontroli, które powstały na skutek nieprzestrzegania prawa przez podmiot kontrolowany.